A könyvtár gyakorlatilag a múzeummal egyidõs. Megalapítása, akárcsak a múzeumé Jósa András nevéhez fûzõdik. A sokoldalú tudós nemcsak a régészeti leleteket, hanem a régészet szakirodalmát is tudatosan gyûjtötte. Szabolcsvármegye Jelentéseibõl nyomon követhetõ a könyvtár gyarapodása, mely elsõsorban az ajándékozók érdeme. A legtöbbször szerepelt nevek az adakozók listáján: Jósa András, Kiss Lajos, Id. és Ifj. Radványi Sándor, Jeney Szabó Árpád, Nyárády Mihály, Papp Bertalan, Gr. Degenfeld Pál, Seress Sándor...Az 1923-as jelentés szerint a könyvtár állománya több mint ezer kötet. A huszas években került a könyvtárba a Dessewffy-hagyaték, melynek legértékesebb darabjai a XIX. század elsõ felébõl származó folyóiratok, így a Tudományos Gyûjtemény 1824-25. és 1830. évfolyamai, az Új Magyar Muzeum 1853. és az Életképek 1845. éve. A Regélõ 1839. címû kiadvány pedig azért említésre méltó, mert ez az elsõ magyar szépmûvészeti folyóiratunk. Az ötvenes években újabb fordulatot jelentett a régi vármegyei könyvtár feloszlatása, ugyanis állományának egy része a múzeum könyvtárába került.

Annak pontos évét, mikor került külön helységbe a könyvtár, sajnos nem tudjuk. Az azonban biztos, hogy a jelenlegi - a volt pénzügyi igazgatóság- épületében 1974 óta a többi gyûjteménytõl elkülönítve, a tetõtérben kialakított helységben kapott helyet. Mára mind összetételében, mind nagyságrendjében egy igen jelentõs tudományos szakkönyvtárrá fejlõdött. Közel 20000 kötetes könyvállománnyal, s csaknem félszáz különbözõ folyóirattal rendelkezik. Gyûjtõköre révén a könyvtár kiemelten a régészet, történelem és néprajz tudományterületeit, valamint a helytörténeti irodalmat gyûjti a teljesség igényével.

Az állomány gyarapodásának jelentõs százalékát most is az ajándék illetve csere útján kapott könyvek adják. A könyvtár szinte valamennyi hazai és számos külföldi - fõként európai- múzeummal és más tudományos tevékenységet folytató intézménnyel tart fenn kapcsolatot. A kiadványok cseréje évtizedek óta jól mûködik. Ajándékozás révén került a múzeum könyvtárába a Toldy- és a Gönyei-hagyaték. Mindkettõ a könyvek igen színes palettáját mutatja: történelem, irodalom, mûvészet... A Toldy-hagyaték egyik érdekes darabja A nagykállói Kaszinó alapszabályzata 1907-bõl.

A könyvtár birtokol néhány igen szép kiállítású, bõrkötésû csatos könyvet, valamint számos tartalmában értékes és érdekes ritkaságot is. Ezek közül íme néhány:

- Dr. Jósa István kéziratos följegyzései (bekötve 1826-ban)

- Ábray Károly: Magyarország 1848-49-ben c. regényes korrajza, 1869.

- A Magyar Tudós Társaság Évkönyve I. köt., 1833.

- British Museum: A Guide to the Antiguities of the Bronze Age, 1904.

- Levendovszky András vándorkönyve 1848-ból (utilevél helyett szolgál)

- Prof. Dr. C.E. Book: Hand-Atlas der Anatomie des Menschen, 1850.

- P. Maximiliane Hell: Adjumentum memoriae chronologico-genealogico historicum, 1774.

Jelenleg folyamatban van Katona Béla könyveinek jegyzékre vétele, a jeles irodalomtörténész ugyanis a városra hagyta könyvgyûjteményét. A tulajdonképpen irodalomtörténeti könyvtár mintegy 5000 kötettel gazdagítja majd a múzeumot.

A könyvtár korlátozottan nyilvános, prézens, vagyis állománya csak helyben használható. Természetesen elõzetes bejelentkezéssel és engedéllyel nyitva áll a kutatók elõtt. Az állomány elrendezése a hely kihasználásának van alárendelve, ezért tömörraktárat alkalmztunk. Katalógusainkban cím és szerzõ szerint kereshet az olvasó, de hamarosan elektronikus adatbázist is építünk, s távolabbi céljaink között szerepel egy interneten is elérhetõ online katalógus létesítése.